从原料处理至灌装杀菌，食品均会受到不同程度的微生物污染，污染率愈高，在同样温度下，杀菌所需的时间愈长。不同种类的微生物具有不同程度的抗热性，酵母菌40～70℃，嗜热性细菌75～80℃，肉毒杆菌A、B型芽孢要100℃经过6小时或在120℃经过4分钟加热才能杀死。微生物芽孢愈多，杀菌所需的温度愈高，杀菌的时间也愈长。
2、食品成分
罐头食品含有糖、盐、蛋白质、脂肪等能影响微生物的抗热性而含有植物杀菌素的食品，如：辣椒、洋葱等则具有抑制或杀灭微生物的作用。
食品中的酸度对微生物的耐热性影响很大，未解离的酸分子很容易渗入细菌的活细胞那而离解为离子，从而转化细胞内部反应，引起细胞死亡。所以酸度高的食品一般杀菌温度可低些，时间可短些。
3、热的传递
罐头加热杀菌时，热的传递方式主要有传导和对流。
①罐头容器的种类和型式：镀锡薄钢板罐较玻璃罐传热速度快，小罐比大罐传热快。同体积的罐头，扁罐比矮罐传热快。
②食品的种类和装罐状态：流质食品传热较快，但糖液、盐水或调味液传热速度，随其浓度增加而降低。固体食品如：午餐肉、蟹肉等，传热速度慢。块状食品加汤汁比不加汤汁传热快。块状大的较块状小的传热慢。装罐装的紧的传热较慢。
③杀菌锅形式和罐头在杀菌锅中的位置：回转式杀菌比静置式杀菌效果大，时间短。罐头在杀菌锅中远离进气管路，在锅内温度还没有达到平衡状态时，传热比较慢。锅内空气排除量、冷凝水积聚、杀菌篮的结构等均影响杀菌效果。
4、罐头初温
罐头在杀菌前的中心温度高低，对杀菌效果有密切关系。杀菌前应提高罐内食品初温（如装罐时提高食品和汤汁的温度、排气密封后要及时杀菌），这对于不易形成对流和传热较慢的罐头更为重要。
罐头杀菌工艺过程有严格的要求，对不同品种有不同的工艺曲线，按时间顺序可分为升温、升温、保温和降温4个阶段，在不同阶段对温度、时间、压力等有不同的要求，目前罐头杀菌多数采用蒸汽加温和冷水降温的方式，杀菌主要设备采用杀菌釜。
罐头杀菌工艺要求如下：
(1)予升温阶段：需用蒸气循环快速加热物料，要求在5～6min时间内使釜内温度上升到100℃～106℃。
(2)升温阶段：使釜内气温按一定的速率上升，大约在10min左右的时间内上升到121℃。
(3)保温阶段：使釜温保持在121℃，保温时间随物料品种不同而不同，一般从15～30min不等。
(4)降温阶段：将釜温在一定的时间内从12l℃降低到40℃以下。在此阶段一个很重要的要求是使釜内压力基本保持不变，但在加注冷水使釜降温的同时，釜内压力往往受到很大影响，大量冷水一注入釜内，就会使压力急速下降，需及时控制。除此之外，对降温时间也有相应的要求。
大多数的微生物适pH在6—7范围。在酸性与高酸性食品中，微生物及其芽孢的抗热性大大减弱。因此食品的酸度不同其相应的杀菌温度也不同。目前罐头食品加热杀菌温度大致可分为两类：
1．低温杀菌法某些食品如水果及部分蔬菜类食品经受不了高温加热，在高温下果蔬的组织形态变软。色香味及风味降低。因而对这类高酸性食品可采用温度低于100℃，时间视品种、规格而定。通常在10—30分钟。但对于低酸性的果蔬罐头采用这种温度和时间尚不能达到“商品杀菌”目的。为了达到既能保持食品质量，又能达到杀菌目的，可采用低温间隙杀菌法。即先将罐头在60—70℃温度下杀菌。取出后放置室温中一定时间使罐内残存的微生物繁殖发育。再将罐头置于低温杀菌，以达到商品杀菌的目的。
2．高温杀菌法肉类、水产类及某些蔬菜罐头。这类低酸性食品因其微生物抗热性强，故要采用较高温度。通常高于100℃，高达121℃。时间也要相应延长。约在60－90分钟。对某些食品因长时间杀菌会使产品质量、营养成分受到很大损失。为此罐头工业中也有采用“高温短时”杀菌法。温度大于121℃。常用的有127℃、135℃，高达150℃时间在几分钟到几秒种。这种杀菌对流体类食品及采用转动杀菌装置的罐头其杀菌效果为好。
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